Se tienen evidencias de que alrededor de 1200 a. C., que corresponde al Preclásico Temprano de la Cultura maya, ya había pobladores en el área que ocupa el moderno municipio de Coatepeque. Otros estudios muestran que durante el preclásico medio (900-300 a. C.) se construyó el sitio conocido con el moderno nombre de «El Cristo», y se elaboró un complejo sistema de iconografía de carácter ritual, relacionado a los elementos naturales, como la tierra, la lluvia y la fertilidad del suelo para la agricultura, que se puede apreciar en los monumentos de «Las Conchitas», «Los Paz» y «El Manantial», que están ubicados en el actual municipio de Génova, al este de Coatepeque.[cita requerida]
Posteriormente, durante el Preclásico Tardío (300 a. C. – 100 a. C.) la cuenca del río Naranjo estuvo ocupada, como queda evidenciado por descubrimientos arqueológicos de piezas de cerámica en las excavaciones del sitio La Felicidad–Las Casas.[cita requerida] Poco a poco, el área duplicó su población y número de sitios poblados; los centros urbanos fueron más grandes y complejos, y ya tenían plazas cerradas, estelas y altares, quizás pintados o estucados en su momento. La civilización de este tiempo ocupó toda el área del moderno municipio y hay evidencias de que construyeron terrazas para evitar la erosión y mejorar el sistema de cultivo.[cita requerida]
En el período del Postclásico Temprano (1000-1200 d. C.), según se desprende de las evidencias arqueológicas encontradas en piezas de cerámica, parece ser que la población se desplazó hacia el norte y el este, ante la presión de grupos foráneos provenientes del occidente de la región. Finalmente, poco antes de la llegada de los conquistadores españoles, el movimiento Pipil estuvo en apogeo y el lugar fue parte del reino Quiché.[cita requerida]
El lugar fue controlado por los españoles durante la Conquista de Guatemala en la década de 1520, los cuales trajeron consigo tropas mexicanas y k'achik'eles, quienes desplazaron a los pocos habitantes locales.